O Ensino Fundamental II compreende os Anos Finais (6º ao 9º ano), na qual se aprofundam conhecimentos introduzidos no Ensino Fundamental I  e prepara-se o aluno para o Ensino Médio. Para isso, o estudante passa a contar com mais disciplinas e professores especialistas em cada uma delas. Além de retomar e ressignificar os conteúdos vistos anteriormente. Os professores têm o desafio de apresentar conceitos mais complexos aos alunos, interligar os conteúdos de várias disciplinas, para promover um aprendizado interdisciplinar e desenvolver uma visão holística do seu processo de aprendizagem.

Já o aluno, que, nessa etapa, geralmente está na faixa etária de 11 a 15 anos, precisa aprender a ser mais autônomo e independente, pois não terá mais o apoio de um único professor para orientá-lo; e mais organizado, pois precisará lidar com diferentes tipos de conhecimentos e fontes de informação.